Zusätzlich zu der Vernetzung der Arbeitskomplexe gibt es die zwei übergreifenden Querschnittsarbeitsgruppen Analyse von Gesamtprozessketten sowie Transfer und Vermarktung. Sie adressieren Themen, die alle Arbeitskomplexe in gleicher Art und Weise betreffen und übergreifend bearbeitet werden. Die Querschnittsarbeitsgruppen sollen Aufgaben in den Bereichen Simulationsmentoring, Technologie- und Product-Scouting sowie Transfer, Unterstützung bei der Anwendungsimplantierung und Vermarktung wahrnehmen.